Институт благородных девиц в Новочеркасске, как и в других городах царской России, появился благодаря супруге Павла I, императрице Марии Федоровне, которая взяла на себя вопрос женского образования в стране. Институты для дам стали появляться в крупных городах Санкт-Петербурге, Москве, Полтаве, а в 1853 году очередь дошла и до казачьей столицы.

Хотя большая часть средств на оплату штата и нужды Мариинского донского института шла из войсковой казны и пожертвований, семьи учениц также вносили ежегодно 150 рублей серебром, причем, постигали науки не только дворянки, но и девушки из простых семей. Они изучали арифметику, танцевание, рисование, чистописание, рукоделие и домашнее хозяйство. В институт принимали девочек в возрасте от 8 лет, в каждом классе они обучались в течение двух лет. Также дончанки изучали Закон Божий, историю, географию и учились петь. Выпускницы могли работать домашними учительницами.

При учебном заведении построили домовую церковь во имя св. Марии Магдалины. В 1887—1891 годах институт решили расширить и построили новое здание по проекту архитектора Р. А. Гедике. Сначала девушек обучали при свете керосиновых ламп, а в 1908 году в институте появилось электричество. После революции учебное заведение перешло в ведение Министерства государственного призрения.

В 1919 году институт эвакуировали в Сербию, в город Белая Церковь, где девушки учились до 1941 года. Заведение пришлось закрыть из-за оккупации Югославии немецкими войсками. Сейчас в здании института благородных девиц находится вуз – Новочеркасская государственная мелиоративная академия, в советское время носивший название Новочеркасский инженерно-мелиоративный институт.