Воспитанник московского ЦСКА ранее защищал ворота «Зенита», «Шинника», «Торпедо», «Сатурна» и «Химок». Кроме того, выступал за клубы «Спартак» (Андижан), «Сокол» (Саратов), «Вымпел» (Рыбинск), «Ростсельмаш», «Текстильщик» (Камышин), «Торпедо», «Шинник», «Сатурн», «Химки», «Салют-Энергия». Последним местом стал клуб «Знамя Труда».

На счету Евгения Корнюхина — множество наград. Он является бронзовым призером чемпионата России за 2000 год («Торпедо», Москва), победителем первого дивизиона первенства России за 2001 год («Шинник»; выход в Высшую лигу).