Новый доступный портал AMR собрал все данные на эту тему и приглашает исследователей всего мира делиться опытом.

Возбудитель туберкулеза палочка Коха обладает высочайшей адаптивностью и устойчивостью к антимикробным препаратам.

Устойчивость к противомикробным препаратам (Antimicrobial resistance, AMR) становится все более серьезной проблемой в сфере здравоохранения. Она снижает эффективность жизненно важных методов лечения и повышает риск осложнений при проведении стандартных медицинских процедур.

Чтобы поддержать глобальные исследования в области устойчивости к противомикробным препаратам, Европейский институт биоинформатики EMBL запустил портал AMR — информационный центр, объединяющий бактериальные геномы, фенотипы устойчивости и функциональные аннотации.

Первая версия портала AMR основана на наборе данных Имперского колледжа Лондона, полученном в рамках проекта «Комплексная оценка прогнозирования устойчивости бактерий к противомикробным препаратам на основе генотипов» (CABBAGE). Сайт обеспечивает долгосрочную доступность, стандартизацию и возможность повторного использования данных.

«Устойчивость к противомикробным препаратам — одна из самых насущных проблем в сфере глобального здравоохранения, — заявила Хелен Паркинсон, руководитель отдела в EMBL. — Работа над порталом AMR объединяет усилия исследователей из Имперского колледжа и специалистов EMBL, чтобы обеспечить глобальный доступ к знаниям о геномике и устойчивости к антибиотикам. Это закладывает основу для исследований в области устойчивости к противомикробным препаратам и упрощает доступ для пользователей со всего мира».

Возбудители болезни Лайма из рода боррелий.

Что предлагает портал AMR?

Портал AMR объединяет экспериментальные и вычислительные данные, что позволяет исследователям изучать, как генетические варианты влияют на устойчивость к антибиотикам.

Пользователи могут изучать следующие массивы данных:

Значения минимальной ингибирующей концентрации, которые представляют собой наименьшую концентрацию противомикробного препарата, препятствующую росту конкретного микроорганизма;
Чувствительность микроорганизмов к антибиотикам;

Маркеры резистентности, созданные с помощью рабочих процессов аннотирования EMBL, которые позволяют выявлять известные гены резистентности и мутации в последовательностях ДНК;

Примеры метаданных, включая информацию о содержащихся в образце бактериях, методах эксперимента и происхождении набора данных.

Предоставляя высококачественные структурированные метаданные, портал AMR также создает основу для обучения и тестирования систем машинного обучения, которые могут прогнозировать резистентность на основе последовательностей ДНК, а также совершенствовать методы выявления и мониторинга резистентности.

Кишечная палочка (Escherichia coli)

Леонид Чинделевич, доцент кафедры устойчивости к противомикробным препаратам в Имперском колледже Лондона, отмечает, что целью разработчиков базы CABBAGE было собрать все общедоступные данные о геномике и устойчивости к противомикробным препаратам в едином формате, который можно использовать многократно.

Совместная работа с EMBL над созданием портала AMR означает, что эти данные находятся в открытом доступе, что позволяет мировому научному сообществу более эффективно изучать механизмы резистентности, собирать более убедительные доказательства для принятия решений в сфере общественного здравоохранения и способствовать разработке более точных методов диагностики.

Портал AMR использует инфраструктуру данных EMBL, объединяющую последовательности геномов, белковые и функциональные аннотации, а также данные о микроорганизмах в единую интегрированную систему. Он опирается на основные ресурсы, используя данные и программное обеспечение из Европейского нуклеотидного архива (ENA), BioSamples, UniProt, InterPro, MGnify и Ensembl.

Золотистый стафилококк (Staphilococcus aureus)

Заглядывая в будущее

Этот релиз знаменует собой начало первого этапа развития портала AMR, на котором появятся новые функции и данные. Следующие шаги будут направлены на сбор данных от сообщества, чтобы исследователи могли предоставлять собственные данные об устойчивости к антибиотикам, включая результаты лабораторных исследований и опубликованные работы. Также планируется расширить спектр доступных аннотированных генов устойчивости и включить в него белковые и функциональные аннотации из UniProt и InterPro.

В ближайшее время разработчики намерены снизить порог входа для тех, кто генерирует данные об устойчивости к противомикробным препаратам, чтобы их можно было хранить в архиве.

По мере того как все больше групп будут вносить свой вклад, этот портал естественным образом расширится и станет еще более мощным ресурсом для мирового сообщества, занимающегося проблемой устойчивости к противомикробным препаратам. Он позволит создавать наборы эталонных данных для инструментов прогнозирования устойчивости к противомикробным препаратам и поможет отслеживать тенденции изменения устойчивости с течением времени. Джон Лиз руководитель исследовательской группы EMBI.